Pura Mangkunegaran dibangun oleh Pangeran Raden Mas Said yang kemudian mendapat gelar Sri Paduka Mangkunegara I. Pembangunan Pura ini diawali setelah dilaksanakannya Perjanjian Giyanti oleh VOC pada tahun 1755 yang berisi tentang pembagian pemerintahan Jawa menjadi Kesultanan Yogyakarta dan Kasunanan Surakarta. Kerajaan Surakarta terbagi menjadi 2 setelah Raden Mas Said terus memberontak kepada VOC. Atas dukungan Sunan, beliau mendirikan kerajaan sendiri di sebelah barat tepian Sungai Pepe.